Ruoveden seurakunnan Virtain kappeli aloitti toimintansa 1651. Kurjenkylän uudistiloilta oli noin puolet lyhyempi matka sinne kuin Ilmajoen kirkkoon. Niinpä Turun piispa myönsi kyläläisille oikeuden tehdä kirkkomatkojaan myös tähän uuteen kappeliin, vaikka kuuluivat edelleen Ilmajoen seurakuntaan. Oikeutta onkin käytetty, sillä jo vanhimmissa säilyneissä Virtain rippikirjoissa 1700-luvulta näkyvät myös kurjenkyläläisten tiedot. Virallisesti kylä liitettiin Virtain seurakuntaan vasta vuonna 1812.

Maallisessa hallinnossa rajaseudulla sijaitsevaa Kurjenkylää on riepoteltu pitäjästä toiseen. Se on kuulunut Ilmajokeen, Alavuteen ja Kuortaneeseen. Kyläjaossa alueen talot on luokiteltu alkuun Seinäjoen kylään ja sittemmin Peräseinäjoen kylään. Vuonna 1840 alue siirrettiin Virtain pitäjään.

Kylästä käytettiin entisaikaan myös nimeä Sydänmaa. Nimitys viitannee vedenjakajan eli maaselän seutuun, joka sijaitsee vesistojen välimaastossa, maan sydämessä. Sittemmin kylälle vakiintui sen nykyinen nimi, jonka taustalla on selvästikin nimistöä Kurjenjärvi, Kurjenjoki ja Kurjen maatila.